في أوائل الخمسينيات أنشئت أول إدارة للجوازات وكانت تسمى (دائرة الجوازات) وكان مقرها بمبنى القيادة العامة للقوات المسلحة ، وكان عدد موظفيها لا يزيد على العشرة أفراد ، وعدد مكاتبها بمبنى القيادة العامة لايزيد على ثلاثة مكاتب مختصة بصرف الـتأشيرات وعمل الإقامات لجميع الجنسيات وأيضا كان لها مكتبان آخران ، كان مقرها بالقرب من ميناء الدوحة القديم ، وكانت تختص بشؤون صرف جوازات السفر للقطريين .

وفي سنة 1960م انتقلت دائرة الجوازات بكاملها إلى مبنى جديد آخر بالقرب من ميناء الدوحة أيضا ، والذي خصص وقتها لأربع دوائر حكومية مع بعض وهي ( دائرة الجوازات ودائرة الجمارك ودائرة الموانىء وكذلك قسم صحة الموانىء) ولكن نتيجة لكبر حجم العمل على الإدارة انتقلت بعدها لمبنى خاص بها بمنطقة البدع – ثم انتقلت أيضا إلى مبنى آخر بشارع السفارات ، ومع بداية التسعينات انتقلت الإدارة للمبنى الحالي بمنطقة الغرافة ولايزال هو مقرها الرئيسي حتى وقتنا هذا .

ومع تطور العمل وتشعبه بالإدارة نتيجة التقدم الاقتصادي والعمراني والسكاني في دولة قطر صدر أول قانون لدخول وإقامة الأجانب في قطر سنة 1961 م ثم تبعه قانون آخر سنة 1963 م .أما عن قانون الجنسية القطرية فأول قانون منظم لها كان صدوره في سنة 1962 م ثم صدر قانون للبطاقات الشخصية في سنة 1962م وفي سنة 1989م صدر قرار معالي وزير الداخلية بتعديل الهيكل التنظيمي بالإدارة وتوزيعها إلى خمس إدارات إلا أنه في سنة 2001م صدر قرار آخر من سعادة وزير الدولة لشؤون الداخلية بإعادة تنظيم هيكل الإدارة العامة للجوازات وتوزيع اختصاصاتها وسميت ( الإدارة العامة لجوازات المنافذ وشؤون الوافدين) .