تختص " إدارة جوازات المنافذ " بتنظيم حركة دخول وخروج المسافرين من وإلى الدولة وإصدار سمات الدخول الفورية والمسبقة عبر المنافذ التابعة للإدارة بالإضافة إلى إصدار تصاريح سفر الوافدين وأبناء المواطنين القصر وزوجاتهم والعديد من سمات التأشيرات المتعلقة بالوافدين وملاحي السفن وغيرها من أنظمة الدخول والخروج ..

وتؤدي " إدارة جوازات المنافذ وشئون الوافدين " أعمالها من خلال أربعة أقسام هي ( منفذ أبو سمرة، منفذ سودانثيل،المنافذ البحرية، قسم التأشيرات وتصاريح السفر، وقسم الشئون الإدارية ) ..